工商部门来发现有两种过期的调料，他们会罚款

过期调料被查，罚款金额视情况而定。依据《中华人民共和国食品安全法》，违法生产经营的食品金额不足一万元，罚款二千元至五万元。若不及时处理，可能面临更高罚款甚至吊销许可证的严重后果。
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针对过期调料问题，常见处理方式为接受罚款并整改。选择时，需根据违法金额和情节轻重判断，轻微者可争取从轻处罚，严重者需积极整改并准备较高罚款。
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调料过期被查，应对如下：1.立即下架过期调料，避免继续销售；2.配合工商部门调查，如实说明情况；3.根据《食品安全法》规定，准备接受相应罚款；4.整改店铺，加强食品管理，防止再次发生。